Ten rodzaj benchmarkingu sprowadza się do konfrontowania własnych wyrobów, usług czy procesów wykonywania zadań z ich odpowiednikami w najlepszych przedsiębiorstwach bez względu na charakter prowadzonej przez nich działalności. Celem tego procesu jest rozpoznanie wzorca idealnego postępowania bez względu na miejsce, w którym on występuje. Benchmarking funkcjonalny przewiduje prowadzenie analiz i porównań przebiegów procesów pracy, metod realizacji funkcji (np. dystrybucja, windykacja) oraz innych działań w przedsiębiorstwach wzorcowych funkcjonujących poza branżą i nie będących konkurentami danego przedsiębiorstwa.
Ten typ benchmarkingu wymaga największej kreatywności i twórczego myślenia. Uzyskane rozwiązania wydają się niekiedy proste, ale proces ich uzyskania może być skomplikowany i kosztowny . Ponadto poszukiwanie wzoru doskonałości w skali światowej, gdziekolwiek on istnieje, aby móc go przyrównać do fragmentów działalności prowadzonej przez badaną organizację, bywa trudne i czasochłonne. Niemniej jednak benchmarking funkcjonalny jest tym rodzajem benchmarkingu, który daje największe możliwości zwiększenia efektywności. Należy podkreślić, iż nie istnieją żadne realne ograniczenia co do obszarów, w których można poszukiwać wzorców doskonałości; organizacje, które mogłyby współuczestniczyć w tego rodzaju benchmarkingu, można wyśledzić i rozpoznać prawie wszędzie . Przykładem może tu być przypadek japońskiej firmy Toyota , która przed paru laty zleciła przeprowadzenie analizy w amerykańskich supermarketach. Głównym celem tych badań było ustalenie, w jakim tempie zapełniają się znów półki, gdy towary zostaną zabrane przez klientów. Uzyskane wyniki pozwoliły na określenie optymalnego czasu podawania części na taśmę produkcyjną w fabrykach Toyoty [8].
Największym problemem w przeprowadzeniu benchmarkingu funkcjonalnego jest jednak konieczność ustalenia, kto wzorcowo realizuje daną funkcję. Z doświadczeń tych autorów wynika, że jeżeli już udało się pokonać tę trudność i kontakt został nawiązany to tylko w nielicznych przypadkach mogą pojawić się komplikacje z uzyskaniem dostępu do ważnych informacji. Najczęściej adresat, do którego kierowana jest propozycja współuczestnictwa w tego typu benchmarkingu, fakt, zwrócenia się właśnie do niego traktuje jako wyróżnienie i dzieli się swoją wiedzą i doświadczeniem [10].